Ajaxサイトで遷移を管理するのに、#!を使うのではなく、HTML5のHistory APIを使えとのことです。
おっしゃる通りなのでしょうが、こういう問題はブラウザの対応状況依存します。ということで、対応状況についてググってみました。
Can I use... Compatibility tables for support of HTML5, CSS3, SVG and more in desktop and mobile browsers.
スマホの対応状況はこんな感じですので、確かに新規サイトは、HistoryAPIでいいのでしょうね。